Los restos de arquitectura domestica prehispánica se extienden sobre unas 15 ha. del terreno de la quebrada usando tanto la base de esta como las laderas. La arquitectura prehispánica es de tipo aglutinada (opuesto a dispersa), es decir sin dejar muchos espacios libres entre estructura y estructura, y es netamente de carácter domestico, ya que no se han encontrado restos de edificios o espacios arquitectónicos a los que se les pueda asignar otra función.
Los arqueólogos sabemos que Huayuri tuvo su mayor momento de ocupación durante el Intermedio Tardío, es decir después del abandono de las costumbres de la Cultura Nasca y pero antes de la llegada de los Incas en la zona. Sin embargo, se pueden encontrar indicadores culturales que nos indican que el sitio fue ocupado y usado durante los Incas y durante la Colonia.
A pesar de estar ampliamente cimentada en la memoria colectiva de los Iqueños poco es lo realmente se sabe sobre sus pobladores prehispánicos, de las condiciones de su existencia, sus costumbres, o del porque eligieron tan peculiar ubicación para sus viviendas.